Salón principal
Se recoge en esta sección información sobre el recinto, las pinturas al fresco y al óleo, la estantería, la esfera armilar y el monetario, y todos los elementos decorativas de esta estancia, juento con otros recintos bibliotecarios.
El recinto
Esta pieza -"la mayor y más noble"- de la biblioteca lleva el nombre de Salón Principal; o bien Salón de Impresos, puesto que en él, por disposición de Fray Sigüenza, se colocaron los libros impresos de autores antiguos, como griegos, latinos y hebreos, con los cantos dorados hacia fuera para lograr una mayor sensación de uniformidad; o bien Salón de los Frescos, debido a las pinturas que adornan el techo y las cornisas.
Las medidas principales de la sala son: 54 m. de largo, 9 m. de ancho y 10 m. de alto. Su planta rectangular tiene como precedente estructural más claro la biblioteca Laurenziana de Miguel Angel, que fue la que configuró un nuevo modelo espacial de librería. Es decir, a las tres naves tradicionales de tipo monacal sucede la idea de una biblioteca compuesta de una sola nave alargada, con ventanas muy bajas que inunden de luz ese gran espacio rectangular.
Está emplazada sobre el vestíbulo de la entrada principal y recibe luz abundante por cinco ventanas y cinco balcones que dan al Patio de los Reyes, y siete ventanas que dan a la Lonja de poniente. El pavimento es de mármoles blancos y oscuros. En medio de la sala se encuentran cinco mesas de mármol pardo con cercos de bronce, colocadas sobre un zócalo, y pilastras también de mármol y jaspe, en las cuales se forman dos plúteos llenos de libros. Hay, además, dos veladores ochavados de pórfido, obra de Bartolomé Zumbigo, regalo de Felipe IV. En el centro se deja un amplio espacio libre para instalar los instrumentos científicos, como esferas armilares, astrolabios y globos terráqueos.

Pinturas al fresco
Este salón tiene una cubierta de bóveda de cañón dividida en siete tramos. En ellos se sigue el procedimiento frecuente de colocar el tema principal en el compartimento central: las siete Artes Liberales en forma de matronas: Gramática, Retórica y Dialéctica -el Trivium- y Aritmética, Música, Geometría y Astrología -el Quatrivium-. Y las escenas subordinadas -los personajes insignes y las historias relacionadas con cada una de las ciencias- en su parte inferior. De hecho, en el friso que va desde la cornisa hasta la parte alta de las estanterías se pintaron 14 escenas: dos relativas a cada arte liberal. Y encima de la cornisa, cada arte liberal va acompañada de cuatro sabios, elegidos entre los más insignes y representativos de cada ciencia. El plan general de la Biblioteca se completa con los dos testeros, con las personificaciones de la Filosofía (lado norte o del colegio) y la Teología (lado sur o del convento).
Los temas de los frescos fueron ideados seguramente por Juan de Herrera y Fray José de Sigüenza y realizados por Pellegrino Tibaldi y sus colaboradores, entre los que se encontraba Bartolomé Carducho. No hay duda de que Tibaldi, como otros muchos artistas, se sintió especialmente atraído por las dificultades que presentaba el techo de la Capilla Sixtina como superficie pictórica, y, tanto la estructura de la bóveda, su simulada arquitectura, su división de los espacios simulados, como también la realización pictórica desde el punto de vista formal representan un devoto homenaje a la Sixtina.
Pintura al fresco


Pinturas al óleo
En las columnas de los dos arcos principales de la sala hay colocados cuatro retratos de tamaño natural: el Emperador Carlos V a la edad de 49 años, copiado muy fielmente por Pantoja de la Cruz del original de Tiziano que se conserva en el Museo del Prado; enfrente Felipe II a la edad de 71 años, atribuido al mismo pintor. En el segundo arco, Felipe III a la edad aproximada de 28 años, obra de Juan Pantoja de la Cruz; en el lado opuesto se encontraba un soberbio retrato de Felipe IV, pintado por Diego Velázquez, que desapareció durante la Guerra de la Independencia; José Bonaparte se lo regaló al general francés Desolle y en la actualidad se puede admirar en la National Gallery de Londres; en su lugar se colocó en 1814 un óleo de Juan Carreño de Miranda con el retrato de Carlos II, a una edad próxima a los 14 años.
En el hueco de la primera ventana a la izquierda, según se entra por la puerta sur, encima del mueble del monetario hay un excelente retrato de medio cuerpo del monje jerónimo Fr. José de Sigüenza, atribuido a Bartolomé Carducho, fechado en 1602.
En los huecos de la tercera ventana de Poniente se encuentran dos retratos, ambos anónimos y del siglo XVIII, uno representando a Benito Arias Montano y el otro a Francisco Pérez Bayer.
Estantería
La estantería se extiende a lo largo de los muros, sólo interrumpida por los huecos de las ventanas, los espacios que ocupan una serie de retratos y las puertas de los testeros por donde se accede al salón. Está realizada en una gran variedad de maderas, ofreciendo un bello contraste de colores. Las principales son: granadillo, ácana, naranjo, roble y caoba. En esta estantería los libros están colocados por temas y por tamaño, y dispuestos de una forma un tanto original, es decir con el canto dorado hacia el exterior, con lo que ofrece un aspecto de gran uniformidad.
Toda la estantería consta de 54 estantes, que en la actualidad están numerados. Cada uno tiene seis plúteos. En un principio los estantes estaban abiertos. Las puertas y telas metálicas que podemos ver hoy se pusieron en el siglo XVIII, durante el reinado de Fernando VI (1746-1759), como medida de protección, sin que por ello la obra perdiera ni su forma ni su composición primitiva.
Por los archivos del Monasterio conocemos, además, que las trazas del mobiliario son de Juan de Herrera, que, junto a su misión de arquitecto, era el que supervisaba también todas las labores de decoración del edificio, insistiendo en la aplicación del estilo clasicista de la arquitectura hasta en los menores detalles, para garantizar así la unidad y majestuosidad del conjunto.
El ensamblador italiano Giuseppe Freccia, contratado en 1575 para hacer todas las obras en madera del edificio, fue el encargado de realizar la estantería. Los ensambladores españoles Gamboa, Serrano, Quesada y Aguirre le ayudaron a realizarla, según las datas de pago de estos años.
Al referirse a la estantería, Fray José de Sigüenza se expresa en estos términos:
"[...] la más galana y bien tratada cosa de este género o para este menester se ha visto en librería. Lo que antiguamente se solía hacer para un libro estimado y como joya preciosa que se presentaba a un príncipe, que era guardarlo en cajas o arcas de ciprés o cedro, se ve aquí como cosa ordinaria para todos, porque la materia y madera de que están hechos estos estantes es toda preciosa".
Esfera armilar y monetario
Una de las piezas más conocidas del Salón Principal de la biblioteca es, sin duda, la esfera armilar, que representa el sistema solar según las teorías de Claudio Ptolomeo y era utilizada para el estudio de los movimientos de los astros.
Esta curiosa esfera fue construida por Antonio Santucci en Florencia hacia 1582, para el cardenal Fernando de Medici, quien, en el mismo año, la envía como presente diplomático al rey Felipe II. Este la colocó al principio en sus aposentos del Alcázar de Madrid, pero posteriormente decidió enviarla al Monasterio del Escorial y a partir de 1593 aparece formando parte del mobiliario de la Biblioteca.
Algo posterior, pero muy conocido también desde el siglo XVIII, es el armario de maderas finas que hace las veces de monetario. Como dice el beato Arturo García de la Fuente en su introducción al Catálogo de las monedas y medallas de la Biblioteca de San Lorenzo de El Escorial, se trata de un bargueño “fabricado con maderas de, ébano, caoba y limoncillo, con hermosas bisagras y cerraduras de forja. Sus dimensiones son: 1,47 x 0,78 y 0,41 cm. de fondo. Tiene dos puertas con sus correspondientes tiradores y, al abrirlas, aparecen en el interior los 54 tableros distribuidos en tres series de 18 cada una. Cada tablero contiene otra tabla de cartón muy duro, barnizado de verde y guarnecido en sus bordes con tiras de cuero o papel rojo estampado en oro; las tablas tienen 70, 48 o 35 agujeros, ordinariamente, donde se alojan las piezas. Remata el armario en una graciosa balaustradilla. Sobre el armario, se ha colocado el retrato de Fray Sigüenza ... Se encuentra este armario junto a la primera ventana de la Biblioteca, a la izquierda de la entrada” (por la puerta sur o del convento).
Salón de Manuscritos
El actual salón de manuscritos, un rectángulo abovedado de 29 m. de largo, por 10 m. de ancho y 8 m. de alto, era la antigua ropería del Monasterio. Fue destinado a Biblioteca de manuscritos por el P. Antonio María Claret -responsable del Monasterio desde el 1858 al 1868-, quien ordenó trasladar a este salón los manuscritos, que desde el devastador incendio de 1671 se encontraban en el salón alto. Este traslado no sólo los libró de otro incendio, el de 1872, en el que ardió dicho salón, sino que los situó en un lugar idóneo desde el punto de vista de su conservación, pues cuenta con unos índices constantes de temperatura y humedad poco menos que ideales.
Otros recintos bibliotecarios
El conjunto de la Biblioteca disponía de otros dos espacios o "piezas supletorias" dentro del edificio. A una de ellas se le llamó "salón alto", precisamente por encontrarse encima del salón principal, del que es como una segunda planta superpuesta y simétrica. En este salón permanecieron todos los libros desde el año 1587 hasta que se terminó la estantería del salón principal en 1593. Posteriormente el salón alto fue destinado para guardar los libros duplicados y los prohibidos. En la actualidad este salón está destinado a usos académicos por parte del Colegio Alfonso XII.
La segunda de las dos "piezas supletorias" o complementarias del salón principal es el denominado "Salón de verano", que tiene unos 15 metros de largo por 6 de ancho. En su momento fue la sala destinada a los manuscritos y estaba a su vez dividida en dos estancias. En la primera, que era la mayor, se encontraban los manuscritos griegos y latinos; en la segunda, los hebreos, árabes, italianos, castellanos, persas, turcos y otros en lenguas vulgares. Este salón sirve hoy para conservar impresos, en su mayor parte modernos. Desde él, una escalera de madera conduce a la planta baja, donde se encuentra el actual salón de manuscritos.
