Procedencias principales
Las aportaciones más señaladas pueden resumirse en las siguientes:
1571.
Libros de Flandes comprados por Arias Montano. Más 57 ms. griegos y 112 latinos procedentes de la librería de Gonzalo Pérez, padre del célebre secretario real Antonio Pérez.
1572
Libros del doctor Juan Páez de Castro, que dejó al morir una selecta colección de impresos y manuscritos: 315 vol., entre los cuales había 50 códices griegos y 61 mss. árabes. Ese mismo año ingresan libros comprados por Jerónimo Guzmán (O.S.A.) y los que pertenecieron al Conde Luna.
1573-1574
Libros de Francisco de Rojas, señor de Pinto, y los reunidos en Venecia por el embajador Diego Guzmán de Silva, muy valiosos por cierto, como los códices de Mateo Dándolo, Antonio Eparco, Francesco Patrizi, Nicola Barelli. Se incorpora también la mayor parte de la excelente biblioteca reunida por Pedro Ponce de León, obispo de Plasencia, y los libros de Juan Bautista de Toledo, primer arquitecto de El Escorial.
1576
La biblioteca de Diego Hurtado de Mendoza, la más valiosa que existía en España y, sin duda, el mejor fondo manuscrito griego de su tiempo. Además de 853 códices, la Biblioteca Real se benefició de más de 1.000 impresos de selecta calidad, pertenecientes a Hurtado de Mendoza.
1581
Los libros de Pedro Fajardo, Marqués de los Vélez, unos 500 impresos junto con algunos curiosos manuscritos. De la Capilla Real de Granada se escogieron un grupo de códices que habían pertenecido a la reina Isabel la Católica, especialmente libros de horas, breviarios y obras de autores clásicos latinos.
1591
La biblioteca del célebre canonista Antonio Agustín, Arzobispo de Tarragona una de las más copiosas, tanto en manuscritos como en impresos, -sólo superada por la de Diego Hurtado de Mendoza-. La Biblioteca escurialense se enriqueció con unos mil manuscritos de esta procedencia.
1599
Después de la muerte de Felipe II, ingresan los libros que, por disposición testamentaria, Benito Arias Montano donaba a la Biblioteca Real.
1602-1614
Pasan a formar parte de la colección escurialense los libros de la testamentaría de Felipe II, raros y valiosos. Las obras confiscadas al licenciado Alonso Ramírez de Prado. Y, sobre todo, la cuantiosa biblioteca de códices árabes del Sultán de Marruecos Muley Zaydan, apresada por los navíos de Luis Fajardo cerca de Agadir en 1612 y depositada en El Escorial en 1614: el número de volúmenes se aproximaba a los 4.000
1656
Felipe IV, en su deseo de seguir enriqueciendo al Monasterio escurialense, una vez terminado el Panteón de Reyes, donó a la Biblioteca unos 1.000 mss. que le había regalado el Marqués de Liche; la mayoría procedían de la extinguida colección de su tío el Conde Duque de Olivares.
En el mismo siglo XVII, el bibliotecario mayor de la Real Biblioteca del Escorial, P. Antonio Mauricio, elevó un memorial al rey Felipe III rogándole diera las oportunas órdenes para que se donara a la misma un ejemplar de cuantas obras se imprimieran en España y en sus Estados. El rey accedió y dio el correspondiente decreto de 12 de enero de 1619; decreto que fue confirmado por sus sucesores en el trono hasta comienzos del siglo XIX (el último rey que urgió su observancia fue Fernando VII, en Real Orden de 8 de agosto de 1831). Pero, aunque en virtud de dicho decreto se adquirieron algunos libros, muy a menudo los autores, libreros e impresores hicieron caso omiso de él.