Otros recintos bibliotecarios

El conjunto de la Biblioteca disponía de otros dos espacios o "piezas supletorias" dentro del edificio. A una de ellas se le llamó "salón alto", precisamente por encontrarse encima del salón principal, del que es como una segunda planta superpuesta y simétrica. En este salón permanecieron todos los libros desde el año 1587 hasta que se terminó la estantería del salón principal en 1593. Posteriormente el salón alto fue destinado para guardar los libros duplicados y los prohibidos. En la actualidad este salón está destinado a usos académicos por parte del Colegio Alfonso XII.

La segunda de las dos "piezas supletorias" o complementarias del salón principal es el denominado "Salón de verano", que tiene unos 15 metros de largo por 6 de ancho. En su momento fue la sala destinada a los manuscritos y estaba a su vez dividida en dos estancias. En la primera, que era la mayor, se encontraban los manuscritos griegos y latinos; en la segunda, los hebreos, árabes, italianos, castellanos, persas, turcos y otros en lenguas vulgares. Este salón sirve hoy para conservar impresos, en su mayor parte modernos. Desde él, una escalera de madera conduce a la planta baja, donde se encuentra el actual salón de manuscritos.