Manuscritos hebreos
Aunque la colección de códices hebreos de El Escorial no fue numerosa en cantidad, es, sin embargo, importante por la calidad de algunos de sus manuscritos. Su número no llegó a superar los 110, debido a que escaseaban en España por entonces tales obras a causa de la persecución incesante a que fue sometida toda la literatura judía por el Tribunal de la Inquisición. Como decía Arias Montano, "de libros hebraicos, de que hubo grande riqueza en España, hay ahora grande pobreza, y los más de los que aparecen en Italia vienen de Levante y en aquella lengua ha habido mucha lección y de todo género de artes".
En la actualidad, el número de manuscritos hebreos asciende a 76. Existe, además, una valiosa colección de obras impresas en hebreo del siglo XVI, que se conserva en el estante 83, que comprende cerca de 150 volúmenes.
Como códices más notables se pueden indicar: la "Biblia de Arias Montano”, de fina vitela y bella ornamentación, que fue utilizada en el texto hebreo de la Políglota de Alcalá; el G-I-8, temas gramaticales, copiado por Alfonso de Zamora en Alcalá de Henares en 1519; hay otros dos códices aljamiados árabes con caracteres rabínicos.
