Estantería
La estantería se extiende a lo largo de los muros, sólo interrumpida por los huecos de las ventanas, los espacios que ocupan una serie de retratos y las puertas de los testeros por donde se accede al salón. Está realizada en una gran variedad de maderas, ofreciendo un bello contraste de colores. Las principales son: granadillo, ácana, naranjo, roble y caoba. En esta estantería los libros están colocados por temas y por tamaño, y dispuestos de una forma un tanto original, es decir con el canto dorado hacia el exterior, con lo que ofrece un aspecto de gran uniformidad.
Toda la estantería consta de 54 estantes, que en la actualidad están numerados. Cada uno tiene seis plúteos. En un principio los estantes estaban abiertos. Las puertas y telas metálicas que podemos ver hoy se pusieron en el siglo XVIII, durante el reinado de Fernando VI (1746-1759), como medida de protección, sin que por ello la obra perdiera ni su forma ni su composición primitiva.
Por los archivos del Monasterio conocemos, además, que las trazas del mobiliario son de Juan de Herrera, que, junto a su misión de arquitecto, era el que supervisaba también todas las labores de decoración del edificio, insistiendo en la aplicación del estilo clasicista de la arquitectura hasta en los menores detalles, para garantizar así la unidad y majestuosidad del conjunto.
El ensamblador italiano Giuseppe Freccia, contratado en 1575 para hacer todas las obras en madera del edificio, fue el encargado de realizar la estantería. Los ensambladores españoles Gamboa, Serrano, Quesada y Aguirre le ayudaron a realizarla, según las datas de pago de estos años.
Al referirse a la estantería, Fray José de Sigüenza se expresa en estos términos:
"[...] la más galana y bien tratada cosa de este género o para este menester se ha visto en librería. Lo que antiguamente se solía hacer para un libro estimado y como joya preciosa que se presentaba a un príncipe, que era guardarlo en cajas o arcas de ciprés o cedro, se ve aquí como cosa ordinaria para todos, porque la materia y madera de que están hechos estos estantes es toda preciosa".