El fondo de incunables recogidos en IBIS (Base de datos bibliográfica del Patrimonio Nacional) está formado por doscientos sesenta títulos distribuidos en doscientos noventa ejemplares, distribuidos en tres depósitos: Real Biblioteca, Real Farmacia (dos ejemplares) y Monasterio de las Descalzas Reales (siete ejemplares).
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La descripción bibliográfica y de ejemplar completas son accesibles a través del catálogo en línea. La conservación y el acceso a la investigación de este fondo del primer periodo de la imprenta manual han llevado a su digitalización completa.
Las anotaciones manuscritas, exlibris, encuadernación y demás aspectos materiales de cada ejemplar son elementos imprescindibles para la reconstrucción de la historia de su uso. La Real Biblioteca colabora en un proyecto europeo desarrollado por el CERL (Consortium of European Research Libraries): Material Evidence in Incunabula cuyo objetivo es el conocimiento de la circulación histórica de los incunables conservados en las bibliotecas de Europa.
La percepción de este conjunto de libros como una colección especial encontró en Jesús Domínguez Bordona su principal valedor. Fue bajo su dirección, en la Segunda República (1931-1939) cuando este fondo, disperso por varias salas, se reunió como conjunto diferenciado en un espacio único con una signatura propia.
